Penyelenggaraan proses belajar tatap muka di pondok pesantren dan madrasah, pada masa pandemi Covid-19 ini mengacu Keputusan Bersama Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, Menteri Agama, Menteri Kesehatan, dan Menteri Dalam Negeri.

Seperti sekolah negeri dan swasta, pesantren dan sekolah keagamaan lain pun diperbolehkan menyelenggarakan belajar mengajar yang direncanakan dimulai Juli 2021, namun setiap lembaga pendidikan wajib mengedepankan protokol kesehatan serta keselamatan dan kesehatan pendidik, peserta didik, dan tenaga kependidikan.

Untuk mencegah penyebaran Covid-19 di pesantren, Badan Nasional Penanggulangan Bencana (BNPB), Satgas Covid-19, Komisi VIII DPR RI, Walikota Cilegon, Kantor Wilayah Kementerian Agama Kota Cilegon dan lembaga terkait mengadakan rapat koordinasi untuk membahas kesiapan pemerintah daerah Cilegon dalam menggelar belajar mengajar tatap muka.

Kepala Kanwil Kemenag Kota Cilegon Idris Jamroni menjelaskan bahwa kegiatan belajar mengajar di pesantren dan madrasah dibagi menjadi 2 shift, 50 persen masuk 50 persen dirumah, Protokol Kesehatan sudah ditegakan, tidak boleh ada kantin santri diinstruksikan membawa bekal dan jam pelajaran dikurangi, hal tersebut dilakukan karena pandemi.